首都医科大学王牌专业：临床医学、口腔医学、护理学、生物医学工程、预防医学、药学、中医学等。
国家重点学科：外科学（神外）、眼科学、耳鼻咽喉科学、神经生物学、内科学（呼吸系病）、内科学（心血管病）、神经病学、儿科学。
国家重点（培育）学科：内科学（消化系病）、影像医学与核医学。
中国中医药管理局重点学科：中西医结合、中医眼科学、中医心病学、中医脾胃学、中医肿瘤学、中医皮肤病学、针灸学、中医传染病学（培育）、中医疮疡病学、中医急症学、临床中医学、中医络病学（培育）、中医传染病学（培育）、中医神志病学（培育）
交叉学科北京市重点学科：全科医学
| 国家级特色专业 | |
| 专业名称 | 级别 |
| 临床医学 | 国家级特色专业 |
| 口腔医学 | 国家级特色专业 |
| 护理学 | 国家级特色专业 |
| 生物医学工程 | 国家级特色专业 |
| 预防医学 | 国家级特色专业 |
| 药学 | 国家级特色专业 |
| 中医学 | 国家级特色专业 |
| 北京市级特色专业 | |
| 专业名称 | 级别 |
| 临床医学 | 北京市级特色专业 |
| 口腔医学 | 北京市级特色专业 |
| 护理学 | 北京市级特色专业 |
| 生物医学工程 | 北京市级特色专业 |
| 预防医学 | 北京市级特色专业 |
| 药学 | 北京市级特色专业 |
| 中医学 | 北京市级特色专业 |
| 康复治疗学 | 北京市级特色专业 |
| 卫生事业管理学 | 北京市级特色专业 |
| 假肢矫形工程 | 北京市级特色专业 |
