石河子大学的王牌专业有农学、农林经济管理、农业机械化及其自动化、临床医学、动物医学等专业。
石河子大学王牌专业名单
国家级特色专业（5个）：农学、农林经济管理、农业机械化及其自动化、临床医学、动物医学
新疆省重点建设学科
国家重点学科（1个）：作物栽培学与耕作学。
国家重点学科培育点（1个）：农业经济管理。
自治区级重点学科（13个）：作物栽培学与耕作学、应用化学、化学工程与技术、作物学、植物保护、农业机械化工程、农业水土工程、畜牧学、园艺学、病理学与病理生理学、预防兽医学、农业经济管理、生物化学与分子生物学。
学校简介
石河子大学是国家“211工程”重点建设高校、国家西部重点建设高校和省部共建高校，是“中西部高校基础能力建设工程”和“中西部高校综合实力提升工程”（一省一校）入选高校。2017年学校入选国家“双一流”建设一流学科建设高校，2018年入选“部省合建”高校，纳入教育部直属高校排序。
学校前身诞生于1949年9月中国人民解放军解放新疆的进军途中，1996年4月由农业部部属的石河子农学院、石河子医学院、兵团师范专科学校和兵团经济专科学校合并组建。
学科建设
学校现有经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学11大学科门类。学校有92个本科专业，8个一级学科博士学位授权点、26个一级学科硕士学位授权点、20种硕士专业学位授权类别、2个博士后流动站、2个博士后科研工作站。
现有国家一流建设学科1个、国家重点学科1个、国家重点培育学科1个、自治区重点学科10个。有国家级教学团队3个、国家级教学名师2人、国家级精品课程4门、双语教学示范课程1门、精品视频公开课3门、精品资源共享课2门、国家级特色专业建设项目5个、实验教学示范中心1个。
学校是教育部卓越（医生、工程师、农林人才）教育培养计划项目试点高校，设有6个卓越人才培养计划项目试点专业。学校还设有国家大学生文化素质教育基地、校外实践教育基地。